В 2017 году ФСБ заявила, что теракт в метрополитене Петербурга готовился через Telegram. Силовики попросили платформу предоставить ключи шифрования, которые позволили бы им получить доступ к переписке пользователей, но руководство мессенджера отказалось это сделать.
Telegram был заблокирован в России 16 апреля 2018 года по решению Таганского районного суда Москвы.
В этот же день Роскомнадзор начал блокировать IP-адреса, используемые Telegram. За первую неделю было заблокировано более 18 млн адресов, однако мессенджер продолжал работать. Действия Роскомнадзора вызвали сбои у многих сервисов, не имевших никакого отношения к платформе. В частности, наблюдались перебои в работе мессенджера Viber, некоторых платежных систем, сервисов регистрации на авиарейсы, системы продажи электронных полисов ОСАГО, сайтов СколТеха, МГУ, Высшей школы экономики и других вузов, системы подачи заявок в РФФИ и др. За 10 дней блокировки Telegram Роскомнадзор получил более 46 тысяч жалоб.
22 апреля 2018 года в разных городах России прошла «акция в поддержку свободного интернета», приуроченная к седьмому дню блокировки Telegram-а.
18 июня 2020 года Роскомнадзор решил снять ограничения на работу мессенджер в России. Свое решение в ведомстве объяснили готовностью основателя Telegram Павла Дурова «противодействовать терроризму и экстремизму».